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¿Por qué la reconstrucción marginal es "más correcta" que la reconstrucción articular en algunos casos?

¿Por qué la reconstrucción marginal es



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Al reconstruir los estados ancestrales en un árbol filogenético dados los estados en las puntas, existen varios métodos para realizar la reconstrucción. Esta pregunta trata sobre la reconstrucción marginal y conjunta de máxima verosimilitud.

Para citar el wiki, la reconstrucción marginal "es similar a un algoritmo codicioso que hace la elección localmente óptima en cada etapa del problema de optimización", mientras que la reconstrucción conjunta "encuentra la combinación conjunta de estados de carácter ancestral en todo el árbol que maximiza conjuntamente la probabilidad de los datos "

Pupko y col. (2000) describen un algoritmo para realizar la reconstrucción articular.

Tengo una pregunta sobre un párrafo en la discusión de este artículo, donde discuten las diferencias en los resultados entre las reconstrucciones marginales y conjuntas.

Decidir cuál es "más correcto" depende de la pregunta formulada. Por ejemplo, si se desea contar el número de reemplazos de treonina a metionina en todo el árbol, entonces se debe usar la reconstrucción de la articulación para obtener este número (2, en nuestro caso, en la rama que conecta el nodo 24 al nodo 3 y la rama que conecta el nodo 32 al nodo 33). Sin embargo, si se desea sintetizar la secuencia hipotética del citocromo b del ancestro de Cetartiodactyla, se debe utilizar el enfoque de reconstrucción marginal. Enfatizamos que ambos métodos calculan reconstrucciones óptimas utilizando todos los datos disponibles. Las discrepancias no se originan por el mal uso de la información, sino por la diferencia en la naturaleza de las preguntas probabilísticas formuladas.

No entiendo por qué usaría la reconstrucción marginal para estimar el estado ancestral en un nodo, o cómo la pregunta que hace afecta el método que debe usar. Solo hay un estado ancestral verdadero, creo que el método correcto para cualquier pregunta es el que estima con mayor precisión el estado ancestral verdadero. ¿Alguien puede arrojar algo de luz sobre por qué el método de reconstrucción marginal es preferible en esta situación?


Sé que es demasiado tarde, pero dado que esto es algo con lo que también estoy luchando, pensé en publicar aquí en caso de que otros también encuentren el camino aquí. No tengo una respuesta, pero aquí hay algunas citas que podrían ayudar (las encontré al menos parcialmente útiles).

Yang (2004): "La reconstrucción marginal es más adecuada cuando se desea la secuencia en un nodo en particular, como en los estudios de restauración molecular. La reconstrucción articular es más adecuada cuando se cuentan los cambios en cada sitio".

http://aracnologia.macn.gov.ar/st/biblio/Yang%202006%20Computational%20Molecular%20Evolution.pdf

Revell (2014):

"La reconstrucción conjunta consiste en encontrar el conjunto de estados de carácter en todos los nodos que (en conjunto) maximiza la probabilidad".

"La reconstrucción marginal es encontrar el estado en el nodo actual que maximiza la probabilidad de integrarse sobre todos los demás estados en todos los nodos, en proporción a su probabilidad"

http://www.phytools.org/eqg/Lecture_5.1/Revell.ancestral-state-reconstruction.pdf

La reconstrucción conjunta "no es (necesariamente) equivalente a elegir el estado en cada nodo con la probabilidad más alta" (Revell 2014), pero es el método para elegir el árbol con el MLE más alto en general.


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